A korábbi verzióra írt alkalmazások a kódok megváltoztatása nélkül futtathatók az új operációs rendszerrel, de a kifejezett Honeycomb alkalmazások nem működnek az Android 2.x rendszerű okostelefonokon.

Egyes vélekedések szerint nehéz dolguk lesz a fejlesztőknek, hiszen egy alkalmazásnak két verzióját is meg kell írniuk, ha szeretnék azt minden felhasználóhoz eljuttatni.  Ugyanakkor Adrian Kingsley-Hughes blogjában arról ír, hogy pánikra semmi ok, hiszen az Android 3.0 csak lehetővé teszi, hogy a tableteken futó alkalmazások kihasználják az eszköz minden lehetőségét. Egyáltalán nem szükséges, hogy a tablet- és telefon-alkalmazások megegyezzenek.