A PayPal inStore alkalmazás egyesíti az online vásárlás rugalmasságát a bolti vásárlás élményével, és Androidos, valamint Apple iOS készülékekre (iPhone és iPad) is elérhető. A használat rendkívül egyszerű: a vásárló a bolt területén bárhol kifizetheti az árut PayPal számlájáról, amit egy, a telefonján megjelenő vonalkód és tranzakciós szám igazol. Ezután csupán annyi a dolga, hogy a vonalkódot a kasszánál beszkenneltesse, és már csomagoltathatja is az árut. Az alkalmazás egyben kezeli a fizetéseket, a leárazásokat és a visszatérítéseket is.

A PayPal inStore alkalmazással rendkívül biztonságos a fizetés: a vásárló egy PIN kóddal léphet be a programba, amely semmilyen személyes vagy pénzügyi információt nem tárol a telefonon, és akár mobilhálózat és WiFi kapcsolat nélkül is működik. Az alkalmazás lehetőséget kínál arra is, hogy a vásárló egy korábban, interneten vett terméket is visszacseréljen a boltban.